Гибель Columbia и приостановление полетов шаттлов на неопределенный срок повлекли за собой ряд проблем, связанных с продолжением исследований на Международной космической станции. Если ранее США и Россия вместе обеспечивали станцию необходимым продовольствием и научными аппаратами, то теперь обслуживание МКС целиком легло на Россию. Уже через неделю после аварии шаттла "Росавиакосмос" сделал заявление о необходимости сокращения экипажа станции с трех до двух космонавтов в качестве временной меры. С одной стороны, это уменьшало потребление топлива, воды и пищи на борту МКС, а с другой, позволило доставлять на орбиту дополнительное количество груза, который занимает в корабле "Союз" место третьего члена экипажа.

Американскому космическому агентству ничего не оставалось, как принять предложение России, и в следующую космическую экспедицию 26 апреля отправились лишь летчик-космонавт россиянин Юрий Маленченко и американец Эдвард Лу. Они сменили шестой постоянный экипаж, при отлете которого со станции случился непредвиденный сбой. При посадке спускаемый аппарат космического корабля "Союз-ТМА-1" значительно отклонился от заданной траектории и приземлился в 500 км от запланированного места.

В течение года неоднократно поднимался вопрос о судьбе проекта МКС. Россия продолжала исправно обслуживать станцию. 30 августа космический грузовик "Прогресс" доставил на МКС более 2 тонн необходимого оборудования. При этом в "Росавиакосмосе" все громче звучало мнение о том, что Россия может превратиться лишь в обслуживающий придаток, так как средств на исследовательскую деятельность нет. В свою очередь, США сократили финансирование станции на 200 млн. долларов, а эксперты NASA предостерегли, что оборудование станции постепенно разрушается. Несмотря на это, обе страны пока не решились оставить станцию вообще без экипажа, хотя такие слухи и появлялись. 18 октября в на орбиту отправились трое космонавтов: россиянин Александр Калери, американец Майкл Фоул, а также испанец Педро Дуке. Расходы, связанные с полетом последнего, оплачивало Европейское космическое агентство, и на МКС он пробыл всего неделю, вернувшись на Землю вместе с Маленченко и Лу.

В наступающем году Россия продолжит в одиночку обслуживать МКС. По сведениям "Росавиакосмоса", даже если полеты шаттлов возобновятся, как и планировалось, в сентябре-октябре 2004 года, то они будут экспериментальными. Регулярные полеты челноков к МКС, скорее всего, начнутся не ранее 2005 года.